提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
(文图:赵筱尘 巫邓炎)
[责编:天天中]
阅读剩余全文()
视觉焦点
Tiffany又多一对手Prada发力高级珠宝
印度洋发现新型生物:全身透明发出幽蓝亮光
推荐阅读
彩神平台滴滴付强:成立司机服务部 将设两千名司机服务经理
2024-03-30
彩神平台只有三天假期 怎样玩转首都北京
2023-10-20
彩神平台日侵台死伤两倍于甲午战争
2023-10-19
彩神平台著名评论员杨健篮彩连中5串关 揭明日投注!
2023-10-16
彩神平台俄军T-72B3坦克越野涉水场面狂野
2024-03-29
彩神平台加拿大洪灾致街道变汪洋 民众划船撤离
2023-07-12
彩神平台国际奥委会:北京冬奥会创造了持续的社会效益和经济效益
2023-12-03
彩神平台 中国工农红军万安康克清红军小学迎来三位名誉校长
2023-09-12
彩神平台首付260万北京买哪合适
2024-03-18
彩神平台国内首款油电混动MPV 奥德赛锐·混动今上市
2024-05-04
彩神平台携手奔向互利共赢的康庄大道
2023-08-15
彩神平台 国产“特斯拉”亮相,3.4秒破百,一看定价,车友:来一沓
2023-09-28
彩神平台【福利】严选治愈美食|低至5折
2023-08-23
彩神平台爆款活性炭暖脚器,时尚暖脚新方式
2023-09-15
彩神平台东五环共有产权房公示设计方案 建5-6层低密洋房
2023-08-12
彩神平台 最佳阵容:7外援霸占中前场
2023-10-18
彩神平台专注3D打印人工骨,点云生物完成B轮融资
2023-12-25
彩神平台奔驰4S店员工试车撞人 车主"躺枪":凭啥要我出保险
2023-11-14
彩神平台爱彼迎频遭投诉折射管理漏洞 对房东难有约束力
2024-04-15
彩神平台读完这52本书人生不惊慌
2023-08-26
彩神平台更新至18集创业时代黄轩杨颖还原热血创业史嘉宾:黄轩 Angelababy 周一围
2024-05-08
彩神平台晚年欧阳修头戴鲜花游西湖,一首宋词字里行间可见醉翁本色
2023-09-25
彩神平台运20疑似已装配新型涡扇20发动机 推力更大油耗更低
2023-07-21
加载更多![](/t2/images/1.gif)
彩神平台地图